These 400 pages are reserved for a complete classification of the bacteria for non-professionals.
This section undertakes to present a somewhat simplified classification of all the known bacteria to give the advanced high school student or amateur a good overview of the genera of known bacteria. on a semi-professional level. When completed, this should give the serious college student a good understanding of the bacteria with emphasis on the overall picture and most important species.
I hope to keep it simple enough for students, farmers, and others to benefit. It is intended for such people. The professionals have their own reference books. These pages can never replace those books. This section is intended for those who do not have any reference books.
The Bergey Classification of Bacteria
Bergey Division I = The Cyanobacteria (formerly the blue-green alga) - These bacteria can use light as their energy source under aerobic conditions. The use carbon dioxide and produce oxygen.
Bergey Division II = The Bacteria (includes the photobacteria and all other classical bacteria) - See the 19 parts below.
Archeobacteria = in the 8th Edition (1974) the archeobacteria were mixed within the 19 parts of the book. I have not yet decided how to handle these bacteria.
The Bergey Classification of Bacteria into 19 parts.
Phototrophic Bacteria: Rhodospirillum - Rhodopseudomonas - Chromatium
Gliding Bacteria: Myxococcus - Beggiatoa - Simonsiella - Leucothrix
Sheathed Bacteria: Sphaerotilus - Leptothrix
Budding / Appendaged Bacteria: Caulobacter - Gallionella
Spirochetes: Spirochaeta - Treponema - Borrelia
Spiral and Curved Bacteria: Spirillum - Auqaspirillum - Oceanospirillum - Bdellovibrio
Gram-negative Aerobic Rods and Cocci: Pseudomonas - Xanthanomonas - Zoogloea - Gluconobacter - Azotobacter - Rhizobium - Agrobacterium - Halobacterium - Acetobacter
Gram-Negative Facultative Anaerobic Rods: Escherichia - Citrobacter - Salmonella - Shigella - Klebsiella - Enterobacter - Serratia - Proteus - Yersinia - Erwinia - Vibrio - Aeromonas - Zymomonas - Chromobacterium - Flavobacterium -
Gram-negative anaerobes: Bacteriodes - Fusobacterium - Desulfovibrio - Succinimonas
Gram-Negative cocci: Nisseria - Branhamella - Acinetobacter - Paracoccus
Gram-negative anaerobic cocci: Veillonella - Acidaminococcus
Gram-Negative Chemolithotrophic: Nitrobacter - Thiobacillus - Siderocapsa
Methane producing:
Gram-Positive Cocci: Micrococcus - Staphylococcus - Streptococcus - Leuconostoc - Pediococcus - Aerococcus - Peptococcus - Ruminococcus - Sarcina
Endospore-forming Rods and cocci: Bacillus - Clostridium - Sporosarcina
Gram-positive, non-sporing rods: Lactobacillus - Listeria - Erysipelothrix - Caryophanon
Actinomycetes and Related: Corynebacterium - Arthobacter - Brevibacterium - Cellumonas - Kurthia - Propionibacterium - Eubacterium - Actinomyces - Archina - Bifidiobacterium - Rothia - Mycobacterium - Frankia - Streptosporangia - Nocardia - Streptomyces - Streptoverticillium - Micromonospora
Rickettsias: Rickettsia - Erhlichia - Wollbachia - Bartonella - Chlamydia
Mycoplasmas: Mycoplasma - Acoleplasma - Thermplasma - Spiroplasma
B800 - Medical bacteriology; move pathogenic discussions here - not ready (incomplete)
Introduction to bacteria pathogenic to humans- Required reading for safety
B801 - First micro safety page for beginners - required reading for safety
B802 - Safety page for High School and Begin College students
B??? - lists of pathogenic bacteria class 1,2,3, 0=no report of disease
B0?? - The pathogenic bacteria: disease causing bacteria, plants and animals, microbiol. safety
Sunday, September 26, 2010
Structure and Classification of Viruses
General Concepts
Structure and Function
Viruses are small obligate intracellular parasites, which by definition contain either a RNA or DNA genome surrounded by a protective, virus-coded protein coat. Viruses may be viewed as mobile genetic elements, most probably of cellular origin and characterized by a long co-evolution of virus and host. For propagation viruses depend on specialized host cells supplying the complex metabolic and biosynthetic machinery of eukaryotic or prokaryotic cells. A complete virus particle is called a virion. The main function of the virion is to deliver its DNA or RNA genome into the host cell so that the genome can be expressed (transcribed and translated) by the host cell. The viral genome, often with associated basic proteins, is packaged inside a symmetric protein capsid. The nucleic acid-associated protein, called nucleoprotein, together with the genome, forms the nucleocapsid. In enveloped viruses, the nucleocapsid is surrounded by a lipid bilayer derived from the modified host cell membrane and studded with an outer layer of virus envelope glycoproteins.
Classification of Viruses
Morphology: Viruses are grouped on the basis of size and shape, chemical composition and structure of the genome, and mode of replication. Helical morphology is seen in nucleocapsids of many filamentous and pleomorphic viruses. Helical nucleocapsids consist of a helical array of capsid proteins (protomers) wrapped around a helical filament of nucleic acid. Icosahedral morphology is characteristic of the nucleocapsids of many “spherical” viruses. The number and arrangement of the capsomeres (morphologic subunits of the icosahedron) are useful in identification and classification. Many viruses also have an outer envelope.
Chemical Composition and Mode of Replication: The genome of a virus may consist of DNA or RNA, which may be single stranded (ss) or double stranded (ds), linear or circular. The entire genome may occupy either one nucleic acid molecule (monopartite genome) or several nucleic acid segments (multipartite genome). The different types of genome necessitate different replication strategies.
Nomenclature
Aside from physical data, genome structure and mode of replication are criteria applied in the classification and nomenclature of viruses, including the chemical composition and configuration of the nucleic acid, whether the genome is monopartite or multipartite. The genomic RNA strand of single-stranded RNA viruses is called sense (positive sense, plus sense) in orientation if it can serve as mRNA, and antisense (negative sense, minus sense) if a complementary strand synthesized by a viral RNA transcriptase serves as mRNA. Also considered in viral classification is the site of capsid assembly and, in enveloped viruses, the site of envelopment.
Structure and Function
Viruses are small obligate intracellular parasites, which by definition contain either a RNA or DNA genome surrounded by a protective, virus-coded protein coat. Viruses may be viewed as mobile genetic elements, most probably of cellular origin and characterized by a long co-evolution of virus and host. For propagation viruses depend on specialized host cells supplying the complex metabolic and biosynthetic machinery of eukaryotic or prokaryotic cells. A complete virus particle is called a virion. The main function of the virion is to deliver its DNA or RNA genome into the host cell so that the genome can be expressed (transcribed and translated) by the host cell. The viral genome, often with associated basic proteins, is packaged inside a symmetric protein capsid. The nucleic acid-associated protein, called nucleoprotein, together with the genome, forms the nucleocapsid. In enveloped viruses, the nucleocapsid is surrounded by a lipid bilayer derived from the modified host cell membrane and studded with an outer layer of virus envelope glycoproteins.
Classification of Viruses
Morphology: Viruses are grouped on the basis of size and shape, chemical composition and structure of the genome, and mode of replication. Helical morphology is seen in nucleocapsids of many filamentous and pleomorphic viruses. Helical nucleocapsids consist of a helical array of capsid proteins (protomers) wrapped around a helical filament of nucleic acid. Icosahedral morphology is characteristic of the nucleocapsids of many “spherical” viruses. The number and arrangement of the capsomeres (morphologic subunits of the icosahedron) are useful in identification and classification. Many viruses also have an outer envelope.
Chemical Composition and Mode of Replication: The genome of a virus may consist of DNA or RNA, which may be single stranded (ss) or double stranded (ds), linear or circular. The entire genome may occupy either one nucleic acid molecule (monopartite genome) or several nucleic acid segments (multipartite genome). The different types of genome necessitate different replication strategies.
Nomenclature
Aside from physical data, genome structure and mode of replication are criteria applied in the classification and nomenclature of viruses, including the chemical composition and configuration of the nucleic acid, whether the genome is monopartite or multipartite. The genomic RNA strand of single-stranded RNA viruses is called sense (positive sense, plus sense) in orientation if it can serve as mRNA, and antisense (negative sense, minus sense) if a complementary strand synthesized by a viral RNA transcriptase serves as mRNA. Also considered in viral classification is the site of capsid assembly and, in enveloped viruses, the site of envelopment.
Saturday, September 18, 2010
Novel Soulmate (by Delia Angela)
Judul : Soulmate
Pengarang : Delia Angela
Tahun Terbit : 2009
Penerbit : Penerbit Milestone
Jumlah halaman : 170 hlm.
Desain sampul: Gunawan
Tahun Terbit : 2009
Penerbit : Penerbit Milestone
Jumlah halaman : 170 hlm.
Desain sampul: Gunawan
Sebagai reviewer novel-novel teenlit, saya sadar kalau saya tidak bisa selalu terpaku pada novel terbitan penerbit besar. Apabila saya terlalu terfokus pada penerbit gigantik yang populer, bagaimana mungkin saya bisa membuat sebuah perbandingan? Itulah sebabnya saya juga melirik novel yang diterbitkan oleh penerbit yang kurang ternama sehingga saya bisa lebih objektif dalam mebuat penilaian. Pilihan saya pun jatuh pada novel karya Delia Angela, Soulmate. Kenapa saya memilih untuk membaca novel ini? Alasannya sederhana saja, karena nama karakter cowoknya sama dengan nama karakter cowok di novel saya, Aldo (subjektif sekali, yah?). Anyway, mari kita mulai saja pembahasannya....
RESENSI BUKU
Baik siswa, pembaca, seniman atau siapa pun pasti pernah meresensi sebuah buku, novel, film, drama, atau lain-lainnya atau setidaknya pernah mendengarnya....
Dikelas, siswa dihadapkan dengan menulis resensi buku sastra; entah novel, kumpulan cerpen, puisi, drama, dan esai sastra. Kemudian beberapa instansi pemerintahan pernah juga mengadakan lomba meresensi buku. Terus seniman juga pasti pernah meresensi sebuah film, sinetron, drama, musik, tari dan kaset. Itu semua dilakukan ada bermaksud untuk melatih pembaca untuk kritis terhadap isi buku yang dibaca, untuk menginformasikan sebuah buku, dan lain-lainnya.
Perlu diketahui bahwa selain resensi buku ada pula istilah lain yang sama maksudnya dengan resensi, seperti timbangan buku, tinjauan buku, pembicaraan buku, dan bedah buku.
Resensi berasal dari bahasa latin 'recensere' artinya melihat kembali, menimbang, atau menilai. Punya maksud atau makna sejajar dengan review dalam bahasa Inggris (Slamet Soewandi, 1977). Sedangkan menurut buku "Kamus Istilah Sastra" yang ditulis oleh Panuti Sudjiman (1984) dijelaskan bahwa resensi berarti hasil pembahasan dan penilaian
yang pendek tentang suatu karya tulis. Jadi, arti resensi mengacu kepada mengulas sebuah buku. Konteks ini memberi arti penilaian, mengungkap secara sekilas, membahas, atau mengkritik buku.
Dijelaskan lagi oleh Slamet Soewandi dalam buku "Dasar-Dasar Meresensi Buku" bahwa tujuan meresensi -selain identitas buku- adalah sebagai berikut:
1. Memberikan pemahaman tentang apa yang tampak dan terungkap pada buku.
2. Mengajak pembaca untuk memikirkan fenomena dalam buku.
3. Memberi pertimbangan kepada pembaca apakah sebuah buku pantas atau tidak mendapat sambutan dari masyarakat.
4. Setelah membaca resensi, calon pembaca berminat mencocokkan dengan bukunya.
5. Bisa dijadikan sumber informasi bagi orang yang tidak banyak punya waktu untuk membaca bukunya.
Ada tiga pola tulisan resensi buku, yaitu meringkas, menjabarkan, dan mengulas. Meringkas (membuat sinopsis) mempunyai arti menyajikan semua persoalan buku secara padat dan jelas. Bila sebuah buku menyajikan banyak banyak persoalan dan alternatif pemecahannya, untuk itu perlu dipilih sejumlah masalah yang dianggap penting dan ditulis dalam suatu uraian yang benar. Menjabarkan mengandung arti mendiskripsikan hal-hal menonjol dalam buku. Konteks ini menyakinkan kita tentang materi resensi bisa dikaitakn situasi yang sesuai di masyarakat. Lewat membaca buku, masyarakat (pembaca) diharapkan bisa mengatasi persoalan yang dihadapi. Terakhir, mengulas buku berarti peresensi memberi penafsiran atau memasukkan pendapatnya dalam tulisan itu. Peresensi memberi masukan kepada penulis baik mengenai kelebihan atau kelemahan buku tersebut. Juga peresensi memberi masukan kepada penerbit, dan mengoreksi kepada pencetak tentang kualitas buku yang diedarkan ke pasaran. Urutan pola tersebut dapat dipertukarkan yang artinya peresensi bisa langsung mengulas, menjabarkan, dan meringkas.Yang utama adalah peresensi bisa mempertimbangkan intinya agar pembaca enak memahaminya, tentu dengan bahasa komunikatif, dan satu hal penting lainnya tentulah isi buku tersebut harus dipahami terlebih dahulu.
Meresensi bisa dilakukan oleh siapa saja asalkan terus mencoba dan tidak mengenal putus asa.
Dikelas, siswa dihadapkan dengan menulis resensi buku sastra; entah novel, kumpulan cerpen, puisi, drama, dan esai sastra. Kemudian beberapa instansi pemerintahan pernah juga mengadakan lomba meresensi buku. Terus seniman juga pasti pernah meresensi sebuah film, sinetron, drama, musik, tari dan kaset. Itu semua dilakukan ada bermaksud untuk melatih pembaca untuk kritis terhadap isi buku yang dibaca, untuk menginformasikan sebuah buku, dan lain-lainnya.
Perlu diketahui bahwa selain resensi buku ada pula istilah lain yang sama maksudnya dengan resensi, seperti timbangan buku, tinjauan buku, pembicaraan buku, dan bedah buku.
Resensi berasal dari bahasa latin 'recensere' artinya melihat kembali, menimbang, atau menilai. Punya maksud atau makna sejajar dengan review dalam bahasa Inggris (Slamet Soewandi, 1977). Sedangkan menurut buku "Kamus Istilah Sastra" yang ditulis oleh Panuti Sudjiman (1984) dijelaskan bahwa resensi berarti hasil pembahasan dan penilaian
yang pendek tentang suatu karya tulis. Jadi, arti resensi mengacu kepada mengulas sebuah buku. Konteks ini memberi arti penilaian, mengungkap secara sekilas, membahas, atau mengkritik buku.
Dijelaskan lagi oleh Slamet Soewandi dalam buku "Dasar-Dasar Meresensi Buku" bahwa tujuan meresensi -selain identitas buku- adalah sebagai berikut:
1. Memberikan pemahaman tentang apa yang tampak dan terungkap pada buku.
2. Mengajak pembaca untuk memikirkan fenomena dalam buku.
3. Memberi pertimbangan kepada pembaca apakah sebuah buku pantas atau tidak mendapat sambutan dari masyarakat.
4. Setelah membaca resensi, calon pembaca berminat mencocokkan dengan bukunya.
5. Bisa dijadikan sumber informasi bagi orang yang tidak banyak punya waktu untuk membaca bukunya.
Ada tiga pola tulisan resensi buku, yaitu meringkas, menjabarkan, dan mengulas. Meringkas (membuat sinopsis) mempunyai arti menyajikan semua persoalan buku secara padat dan jelas. Bila sebuah buku menyajikan banyak banyak persoalan dan alternatif pemecahannya, untuk itu perlu dipilih sejumlah masalah yang dianggap penting dan ditulis dalam suatu uraian yang benar. Menjabarkan mengandung arti mendiskripsikan hal-hal menonjol dalam buku. Konteks ini menyakinkan kita tentang materi resensi bisa dikaitakn situasi yang sesuai di masyarakat. Lewat membaca buku, masyarakat (pembaca) diharapkan bisa mengatasi persoalan yang dihadapi. Terakhir, mengulas buku berarti peresensi memberi penafsiran atau memasukkan pendapatnya dalam tulisan itu. Peresensi memberi masukan kepada penulis baik mengenai kelebihan atau kelemahan buku tersebut. Juga peresensi memberi masukan kepada penerbit, dan mengoreksi kepada pencetak tentang kualitas buku yang diedarkan ke pasaran. Urutan pola tersebut dapat dipertukarkan yang artinya peresensi bisa langsung mengulas, menjabarkan, dan meringkas.Yang utama adalah peresensi bisa mempertimbangkan intinya agar pembaca enak memahaminya, tentu dengan bahasa komunikatif, dan satu hal penting lainnya tentulah isi buku tersebut harus dipahami terlebih dahulu.
Meresensi bisa dilakukan oleh siapa saja asalkan terus mencoba dan tidak mengenal putus asa.
Subscribe to:
Posts (Atom)